Nhân vật chính trong truyện là Santiago. Cha mẹ Santiago mong muốn cậu trở thành linh mục để mang lại niềm tự hào cho gia đình, nhưng vì ước mơ từ nhỏ của chính mình là đi đây đi đó khắp thế giới, Santigo đã thuyết phục được cha cậu và trở thành một người chăn cừu.

Dưới vai một người chăn cừu, cậu chu du khắp vùng quê Andaluisa, phía nam Tây Ban Nha, trong vài năm, tận hưởng một cuộc sống vô tư lự và phiêu lưu. Trên đường tới một thành phố nhỏ mà một năm trước cậu đã từng tới để bán lông cừu và gặp người con gái của ông chủ tiệm - cô gái mà cậu thầm mến, Santiago có một giấc mơ cậu không thực sự hiểu lặp lại hai lần. Nhớ ra ở Tarifa có một bà thầy bói đoán mộng, Santiago quyết định đi gặp bà lão. Cái già bà thầy bói đưa ra là một lời thề - rằng khi tìm được kho tàng ở Kim tự tháp Ai Cập, cậu phải chia một phần mười của nó cho bà. Thế nhưng, lời giải đáp cậu nhận được từ bà lại không khiến cậu thực sự tin tưởng và hài lòng: Hãy đi đến Kim tự tháp Ai Cập…

Sau đó, cậu gặp một ông lão - Melchizedek, vua của xứ Salem và nhận được chỉ dẫn. Cậu bán đàn cừu cho một người bạn và đưa cho ông lão sáu con cừu còn lại - một phần mười số cừu của cậu để trả công cho ông lão.  Sau khi nhận được 2 hòn đá - Urim và Thumim từ ông, cậu bắt đầu chuyến đi đến Kim tự tháp Ai Cập.

Trong vòng một ngày khi vừa đến Moroco, Santiago bị lừa mất hết tiền và mắc kẹt lại tại đó. Mất hết tất cả, Santiago phải làm việc tại một cửa hàng bán pha lê, với ý nghĩ Ai Cập chỉ còn là giấc mộng, và lên kế hoạch dành dụm tiền trở về Tarifa rồi mua lại đàn cừu.

Gần một năm sau, cậu quyết định rời tiệm pha lê vì cậu đã có đủ tiền mua một bầy cừu mới, gấp đôi số cừu cậu bán đi hồi trước. Thế mà Santiago lại không mua một con cừu nào cả. Cậu quyết định tiếp tục con đường đi tìm kho tàng bí mật ở Kim tự tháp Ai Cập, vì khi thu dọn hành lý, cậu một lần nữa nhìn thấy hai hòn đá Urim và Thummim mà cậu nhận được từ vua xứ Salem.

Santiago gia nhập đoàn lữ hành đến một sa mạc gần các kim tự tháp. Trong đoàn người, cậu gặp một anh chàng người Anh - người đã tìm kiếm những nhà giả kim chân chính suốt 20 năm qua. Đoàn người tiến dần về phía ốc đảo. Khi người Anh nọ thử quan sát sa mạc và học ngôn ngữ sa mạc, thì Santigo đọc những cuốn sách của anh ta và học về thuật giả kim.

Khi họ tới ốc đảo, đoàn lữ hành được chào đón, và được khuyên phải dừng bước vì đang xảy ra chiến tranh giữa các bộ tộc phía trước. Ở nơi đây, cậu đã cố giúp anh chàng người Anh tìm một nhà giả kim, và cậu gặp được cô gái cậu yêu ngay từ cái nhìn đầu tiên - Fatima. Trong thời gian ở ốc đảo, nhờ vào "dấu hiệu" mà Santigo đã có thể dự báo trước và giúp bộ tộc tránh được một cuộc tấn công đột ngột vào ốc đảo, cậu được thưởng rất nhiều tiền vàng, cùng một lời đề nghị trở thành người cố vấn quan trọng cho trưởng tộc. Cũng chính lúc ấy, nhà giả kim ở ốc đảo xuất hiện và nhận ra ông đã tìm thấy một học trò xuất sắc - Santiago.

Cậu lưỡng lự khi phải rời ốc đảo vì tình yêu với Fatima. Nhà giả kim nói với cậu rằng trái tim cậu ở đâu thì kho báu cũng ở đó; tình yêu thật sự không bao giờ ngăn cản ai theo duổi vận mệnh của mình cả. Sau khi nói chuyện cùng Fatima - người phụ nữ sa mạc sẽ luôn đợi mình, cậu rời ốc đảo và lên đường đi tới kim tự tháp cùng nhà giả kim. Tới một vùng sa mạc cai quản bởi những chiến binh hung dữ, để được sống, cậu đã "tặng" hết đi số tài sản của mình. Mọi chuyện chưa kết thúc ở đó vì để lấy lại tự do, trong vòng 3 ngày Santiago phải trổ tài "biến thành gió". Nhờ vào ngôn ngữ của vũ trụ mà mình học được, cậu đã "biến thành gió" thành công trước mặt những chiến binh và được trả tự do. Khi quãng đường tới kim tự tháp không còn xa nữa, nhà giả kim từ biệt cậu. Trước khi chia tay, cậu được chứng kiến ông biến chì thành vàng và nhận được 1 phần 4 số vàng.

Đến được kim tự tháp, trong khi đang đào cát để tìm kiếm kho tàng, cậu đụng độ những tên cướp và bị cướp mất số vàng cậu nhận được từ nhà giả kim. Những tên cướp cười lớn khi nghe câu chuyện cậu đã vượt sa mạc để đến kho báu, một tên trong số đó nói rằng ngay tại chỗ này, hắn cũng từng có một giấc mơ về kho tàng tại một nhà thờ ở Tây Ban Nha vào hai năm trước. Cuối cùng Santiago đã lấy được kho tàng, ở ngay nơi mà cậu đã có giấc mơ về nó.